自然科学部は、令和３年度から探究部と名称を改め、様々な探究活動に取り組んでいます。
1年生9名、2年生10名、3年生10名で活動しています。
活動日は基本的に月・水・金曜日です。発表会や競技会の直前は休日にも活動しています。
＜主な活動内容＞
・各自が探究テーマを設定し、テーマに沿って探究活動を行っています。成果物は、各種コンクールやコンテストへ応募したり、発表会で発表したりします。11月には全員が中学校総合文化祭で発表します。
・科学の甲子園ジュニアで必要とされる知識・技能や科学的な思考力を身に付ける活動を行います。令和元年度は、科学の甲子園ジュニア山形県予選で優勝しました。県代表として全国大会に出場し、実技競技でスカパーJSAT（工作デザイン賞）を受賞しました。
・夏期休業中に行われる、地域の小中学生を対象とした親子実験教室「東桜サイエンスラボ」に、高校教員と共にTA（ティーチング・アシスタント）として参加協力します。
・レゴ・マインドストーム（EV3）を使った、ロボットのプログラミングを行っています。ブレッドボードを用いた回路作りも行っています。
令和２年度は、科学の甲子園ジュニア全国大会が中止になりましたが、エキシビション大会に参加しました。
科学の甲子園ジュニアエキシビション大会 特別体験プログラム「針金独楽」に１年生が応募しました。
令和元年度 第７回科学の甲子園ジュニア全国大会で特別賞受賞
グランドでペットボトルロケット実験