中学校自然科学部は、1年生10名（男子8名、女子2名）、2年生5名（男子5名）で活動しています。
活動日は基本的に月・水・金曜日です。発表会や競技会の直前は休日にも活動しています。
＜主な活動内容＞
・各自が探究テーマを設定し、テーマに沿って探究活動を行います。秋には酸性雨調査を行います。成果物は、各種コンクールへ応募したり発表会で発表したりします。11月には全員が中学校総合文化祭で発表しています。
・科学の甲子園ジュニアで必要とされる知識・技能や科学的な思考力を身に付ける活動を行います。令和元年度は、科学の甲子園ジュニア山形県予選で優勝しました。県代表として全国大会に出場し、実技競技でスカパーJSAT（工作デザイン賞）を受賞しました。
・夏期休業中に行われる、地域の小中学生を対象とした親子実験教室「東桜サイエンスラボ」に、TA（ティーチング・アシスタント）として参加協力します。
・レゴ・マインドストーム（ＥＶ３）を使った、ロボットのプログラミングを行っています。
グランドでペットボトルロケット実験
科学の甲子園ジュニア全国大会で特別賞受賞
東桜サイエンスラボにＴＡとして参加協力